כן. כמו כל ניתוח או אשפוז, תרומת כליה מלווה בניתוח ולכן גם בכאב שמשתנה מאדם לאדם על פי רגישותו.
ברוב המקרים אפשר להתגבר על הכאב באמצעות תרופות משככות כאבים פשוטות (אופטלגין, אקמול).